Очень подробное руководство есть на сайте Qt - CMake Manual.

На самом деле Qt Creator вместе со сборщиком QMake - очень удобные инструменты для разработки Qt проектов, поэтому без крайней необходимости нет особого смысла использовать альтернативные средства разработки.

Однако, если возникла необходимость или вам так удобнее, то это можно сделать так как описано ниже.

Я создам новый проект в CLion и далее приведу ниже конфиг CMake с комментариями.

CMAKE_AUTOMOC указывает CMake запускать Qt MOC (Meta-Object compiler). MOC - это утилита, которая сканирует заголовочные файлы, если в файлах обнаруживается, например макрос Q_OBJECT, то это значит, что в этом классе есть код для MOC.

CMAKE_INCLUDE_CURRENT_DIR Автоматически включает текущую директорию с бинарниками в include путь.

После настройки CMake все как обычно, можно создавать классы, формы и разрабатывать Qt проекты в IDE CLion.

Исходники находятся на GitHub